A Cesa busca assegurar uma estocagem apropriada, com tratamento adequado e preservação dos produtos que armazena. Possibilita ainda regular o fluxo das safras e facilita a sua comercialização. Os principiais produtos armazenados pela Companhia são o trigo, o milho, a soja e o arroz. A companhia também oferece serviço frigorífico, realizado na unidade de Capão do Leão, onde são estocados produtos de origem vegetal e animal, frutas, produtos lácteos, ovos e outros. Atualmente, a Cesa conta com uma capacidade de armazenagem de cerca de 600 mil toneladas.
Em 2012, a Cesa implantou o Sistema Aplicado à Armazenagem de Grãos (Saagra). Através do sistema, que possibilita o controle de estoque, operações de recepção, armazenagem e expedição, além do acompanhamento da movimentação de entrada e saída de mercadorias, é possível ter transparência nas informações e garantir total segurança aos depositários.
Além disso, as unidades são credenciadas à Companhia Nacional de Armazenagem (Conab) e armazena produtos que fazem parte dos estoques reguladores do governo federal. O que garante receita e ocupação regular à Companhia.